El siglo XX

En la noche del 16 de agosto de 1906 un fuerte terremoto dejó al museo gravemente dañado, dejando destruidos los costados norte y sur del edificio del MNHN y, consecuentemente, las colecciones que estaban albergadas en esos sectores. Al día siguiente, el entonces director del museo, Federico Philippi, se encontraba junto a otros colaboradores, rescatando lo que se podía de los escombros. Posteriormente se envió un informe al ministerio de Educación y se ordenó la demolición de los lugares peligrosos. Esto dio inicio a un trabajo de restauración que se prolongó por dos años, hasta enero de 1908, a tiempo para que el museo fuera la sede de un congreso científico. En abril de 1910 la dirección del museo recayó en el médico Eduardo Moore Bravo, bajo cuyo mandato se crearon tres nuevas secciones en el museo: Antropología, Botánica criptogámica y Aracnología e insectos dañinos. Además Moore promovió la creación de una Estación Zoológica Marítima y del Museo de Oceanografía en San Antonio. Para esto Moore logró una cesión de terreno en el puerto de San Antonio, sin embargo estos proyectos no se materializarían por falta de fondos. Asimismo se compraron la biblioteca y colecciones de los Philippi, y se editó la última entrega de los Anales del Museo Nacional de Chile, que sería suspendido por falta de fondos. Moore solicitó el desalojo del Instituto Agrícola, que funcionaba en el edificio del museo, pero su petición fue rechazada. Asimismo tampoco logró que en el MNHN se instalara luz eléctrica en las salas de exhibición, considerando que, a 1910, la mayoría de los edificios públicos chilenos contaban con ese servicio. Solamente en los años 60, siendo director del museo Humberto Fuenzalida, se obtendrían fondos y se habilitaría la iluminación de esas salas. Moore tampoco tuvo éxito en solicitar la devolución del Jardín Botánico de la Quinta Normal, que había sido transferido al Ministerio de Obras Públicas.

Salón Central del MNHN en 1907.

La década de 1920 fue muy difícil para el museo, que enfrentó serios problemas económicos. Esto llevó a recortes que ocasionaron despidos de personal y reducciones salariales de los investigadores. Por ejemplo, los Jefes de las secciones de Paleontología y Botánica criptogámica debieron ser degradados a ayudantes. Además, el tomo XI del boletín del museo fue el último que se editó en diez años, pues se suprimió el financiamiento de las publicaciones. Esta crisis culminó en abril de 1927, cuando Santiago sufrió un fuerte terremoto que afectó nuevamente las dependencias del museo. Estas sólo pudieron ser reparadas un año después bajo la dirección de Ricardo Latcham. Eduardo Moore ya había abandonado la dirección del museo, presumiblemente a partir de una renuncia por la falta de financiamiento que afectaba al MNHN. En abril de 1928, con Latcham, al frente del MNHN, comenzó una profunda labor de renovación del museo. Para eso, el director consiguió dineros del ministerio de Educación, dirigido en ese momento por Eduardo Barrios. Se donaron $200.000 pesos de la época, recursos que sirvieron para reconstruir el edificio y poner en marcha nuevamente al museo. Dentro de sus aportes está el haber gestionado una nueva planta de trabajadores, que permitió tener mejores salarios y contar con más investigadores. También se renovaron las colecciones y se retomaron las publicaciones del museo, que estaban suspendidas. El museo creció con nuevas plantas para oficina de la dirección, la biblioteca y la sala de taxidermia. Las obras de refacción del edificio se llevaron a cabo hasta 1931, con la terminación de la fachada del edificio, el vestíbulo, el Salón Central y ocho salas de exhibición, sin que se dieran por concluidas completamente. Esto recién ocurrió en 1968, cuando Grete Mostny era directora de la institución. Igualmente se logró, en 1938, concluir la reconstrucción de las alas oriente y suroriente.

En 1929, se dicta una nueva ley con la creación de la Dirección General de Bibliotecas, Archivos y Museos, la cual albergaría todos los instituciones de este tipo que estuvieran en el país, frente a lo cual el museo debía formar parte de esta dirección que actualmente se conoce como DIBAM. Desde este momento, el museo pasa a tener la denominación que tiene actualmente, Museo Nacional de Historia Natural. Antes fue conocido como Gabinete de Historia Natural y Museo Nacional de Chile, y dependió de instituciones como la Universidad de San Felipe, la Facultad de Ciencias Físicas de la Universidad de Chile, el Ministerio de Justicia e Instrucción Pública y la Dirección General de Enseñanza Artística del Ministerio de Educación. El 15 de septiembre de ese mismo año, se inauguró un nuevo pabellón en el museo para la biblioteca Abate Juan Ignacio Molina, bautizada así para conmemorar un siglo del fallecimiento de Molina.

Ricardo Latcham falleció en 1943, y fue sucedido en el cargo, como Jefe de Sección más antiguo, por Enrique Ernesto Gigoux, quien mantuvo el ritmo de trabajo y crecimiento del museo. Gigoux jubiló en 1948, dando paso a Humberto Fuenzalida Villegas como director del museo. Bajo el mandato de Fuenzalida se creó la sección de Hidrobiología y se remodeló el Salón Central con nuevos cuadros biológicos y nuevas exhibiciones. En tanto, las publicaciones del museo tuvieron un considerable impulso, puesto que se habilitó una pequeña imprenta en el museo. En 1956 se creó el Noticiario Mensual del Museo, cuya dirección quedó a cargo de Grete Mostny, mientras que en 1963 se crearon las Publicaciones Ocasionales. En 1963, Humberto Fuenzalida renuncia a la dirección del museo para asumir la dirección de la Escuela de Geología de la Universidad de Chile. Sin embargo sigue trabajando ad honorem en la sección de Geología del museo mientras su salud lo permitió, esto es, hasta 1966.